La inmunohistoquímica es una técnica indicada sobre todo en el campo de la oncología veterinaria que nos ayuda a determinar con mayor exactitud el tipo de tumor. También nos permite obtener algunos valores útiles de pronóstico o de tratamiento.
Asimismo algunas enfermedades infecciosas pueden ser confirmadas mediante la detección del agente causal en el tejido mediante inmunohistoquímica (Leishmaniosis, Moquillo o parvovirosis).